「Protozoology」（Thieme Medical Pub., 1996）の中でHausmann & Hülsmannが提唱している 新しい PROTOZOAの分類体系です。最新の知見に基づいていますので一考に値するものといえます。
ただし、あくまで「原生動物」にこだわっているため、紅藻類やプラシノ藻を除く他の緑藻類などは 対象から除外されています。

Other Classification Systems
　　PROTISTA
　　PROTOCTISTA

Subdivisions

微　胞　子　虫　界　Microspora
		微胞子虫門　Microspora 　ミトコンドリアをもたない		メチニコベラ綱　Metchinikovellidea
				放線胞子虫綱　Actinosporea
鞭　毛　虫　界　Mastigota
古アメーバ亜界 　Archamoebae		カリオブラステア門 　Caryoblasta 　ミトコンドリア・ゴルジ体・中心粒をもたない
双鞭毛虫亜界 　Dimastigota	Tetramastigota上門 　Tetramastigota 　ミトコンドリアを 　もたない	レトルタモナス門 　Retortamonada 　ミトコンドリア・ゴルジ体をもたない		レトルタモナス綱 　Retortamonadea
				ディプロモナス綱 　Diplomonadea 　ランブル鞭毛虫など
		Axostylata門 　Axostylata 　ミトコンドリアをもたない		オキシモナス綱 　Oxymonadae
				バラベイサル綱 　Parabasalea 　　Trichomonadida 　　Polymonas 　　Hypermastigida
	Metakaryota上門 　Metakaryota	ミドリムシ門 　Euglenozoa 　ミトコンドリア 　をもつ	ミドリムシ亜門 　Euglenida
			キネトプラスト亜門 　Kinetoplasta 　トリパノゾーマなど
			Pseudociliata亜門 　Pseudociliata 　Stepahnopogon属のみ
		Heterolobosa門 　Heterolobosa 　マスチゴネマでない鞭毛のみ		ネグレリア綱 　Schizopyrenidea
				アクラシス菌綱 　Acrasea
		タマホコリカビ門 　Dictyostela
		プロトステリウム門 　Protostela
		ミクソガストリア門 　Myxogastra 　変形菌（粘菌）
		クロミスタ門 　Chromista	プリムネシウム亜門 　Prymnesiomonada 　（ハプト藻類）
			クリプトモナス亜門 　Cryptomonada
			不等毛植物亜門 　Heterokonta	プロテロモナス綱
				オパリナ綱
				黄金色植物綱
				黄緑藻植物綱 　（ヘテロモナス） 　Heteromonadea
				ラビリンチュラ綱
				ラフィド藻綱
				ネコブカビ綱
				ビコソエス　Bicosoecidae
		アルベオラータ門 　Alveolata
			渦鞭毛虫亜門 　Dinoflagellata
			アピコンプレ 　クサ亜門 　Apicomplexa 　マラリア病原虫など	ペルキンスス綱　Perkinsasida
				種虫綱　Sporozoasida 　（胞子虫類）
			繊毛虫亜門 　Ciliophora	ポストキリオデスマトフォラ 原始大核綱　Karyorelictea 　Tracheloraphis, Loxodes
				ポストキリオデスマトフォラ 旋毛綱　Spirotrichea ラッパムシ、棘毛類、 ブレファリスマ、スピロストマム
				ラブドフォラ 前口綱　Prostomatea
				ラブドフォラ リトストマ綱　Litostomatea ディレプツス、ラクリマリア、 ディディニウム、エントディニウム
				キルトフォラ 層状咽頭綱　Phyllopharyngea 吸管虫
				キルトフォラ 梁口綱　Nassophorea ゾウリムシ、Euplotes
				キルトフォラ 貧膜口綱　Oligohymenophorea　 テトラヒメナ、ツリガネムシ
				キルトフォラ コルポダ綱　Colpodea
		襟鞭毛虫門 　Chanoflagellata
		緑藻植物門 　Chlorophyta 　Volvocida		プラシノ藻綱 　Prasinomonadea　のみ
	Metakaryota上門 　Metakaryota 　Incertae Sedis	アメーバ　Amoebozoa		葉状根足虫　Lobosea 　Amoeba, Mayoerlla, Acanthamoeba, 　Entamoeba, Naegleria
				糸状根足虫　Filosea
				無子実体　Acarpomyxea
		顆粒根足虫　Granuloreticulosa 　 有孔虫
		有軸仮足　Actinopoda 　Polycystina, Phaeodaria, Acantharia, 太陽虫		棘針綱　Acantharea
				多泡綱　Polycystinea
				濃彩綱　Phaeodarea
				太陽虫綱　Heliozoea
		アセトスポラ　Ascetospora
		粘液胞子虫　Myxozoa		膠胞子虫綱　Myxosporea
				放線胞子虫綱　Actinosporea

上記の表に入らなかった原生生物

Hausmann & Hülsmannは，以下の生物は「原生動物」ではないとみなしていることになります。
ただし，「動物性鞭毛虫綱」の一部が抜けているのはおかしいですから，これらは他のグループ内に入れられていて， 見えなかっただけかも知れません。

References

1. Hausmann & Hülsmann, 1996, Protozoology, Thieme Medical Pub.
2. 岩波・生物学辞典・第４版, 1996, 岩波書店.
3. Margulis, L., Corliss, J.O., Melkonian, M. and Chapman, D.J. (eds.) , 1990, Handbook of Protoctista. Jones and Bartlett, Boston.
4. ハウスマン, 扇元訳, 1989, 原生動物学入門、弘学出版.
5. Margulis & Schwartz, 1988, Five Kingdoms; An illustrated guide to the phyla of life on earth., Second edition, Freeman and Company.
6. Lee, J.J., Hutner, S.H. & Bovee, E.C. (eds.), 1985, An Illustrated Guide to the Protozoa., Society of Protozoologists.
7. 猪木正三監修, 1981, 原生動物図鑑, 講談社サイエンティフィク.
8. 廣瀬弘幸・山岸高旺編, 1977, 日本淡水藻図鑑, 内田老鶴圃.
9. Kudo, R.R., 1966, Protozoology 5th ed., Charles C Thomas Publisher.