= Flagellata
鞭毛をもつグループ。 鞭毛の長さ，本数は様々である。また、形態的にも何も付属構造のない「裸」の鞭毛から、 鞭毛の片側または両側に細かな突起物ないし絨毛が多数でているものなど様々である。
細胞内に葉緑体をもつ植物性のものと、もたない動物性のものとに大別される。

この動物/植物の区分は、現在では意味を失いつつある。それは、葉緑体をもつかもたないか という違いはあまり基本的な違いではないことがわかってきたからである。植物性鞭毛虫 （ないし鞭毛藻） の中には、藍色細菌（もしくは他の光合成細菌）の細胞内共生に由来する、いわゆる葉緑体をもつタイプ （プラシノ藻、 ボルボックス）以外に、 そのような一次共生による光合成真核生物をさらに内部共生（二次共生）させた 植物性鞭毛虫もいることがわかってきた。それらはクロミスタ と呼ばれるグループに含めることが提唱されている。
さらに、渦鞭毛虫（藻）の場合は、 そのような二次共生による他の鞭毛藻類を内部共生させていると推測されるようになった（三次共生）。 また、渦鞭毛虫は、その微細構造や分子系統学の結果 から、他の鞭毛虫よりはむしろ、繊毛虫や アピコンプレクサといった従来はまったく別と考え られていた生物に系統的に近いことがわかってきた（アルベオラータ）。
一方の動物性鞭毛虫も、ミトコンドリアをもつかもたないかの違い、その他の微細構造の 有無による違いの方が動植物の区分よりも基本的であると考えられるようになってきた（ Tetramastigota、および、 Axostylata）。

鞭毛の基本型 a chloromonads, b chrysomonads, c euglenids, d dinoflagellates, e prasinomonads (adapted from Hausmann and Hülsmann, 1996)

鞭毛の多様性 a uniflagellate; b biflagellate with transverse and logitudinal flagella; c biflagellate with ransverse and longitudinal flagella; d heterokont- biflagellate, one flagellum bears mastigonemes; e biflagellate with one recurrent flagellum; f biflagellate with two fimbriated flagella originating from an apical invaginatio or gullet; g tetraflagellate with one recurrent flagellum; htetraflagellate with undulating membrane. (adapted from Hausmann and Hülsmann, 1996)

有毛根足虫門（肉質鞭毛虫門）　Sarcomastigophora Honigberg & Balamuth, 1963
　　鞭毛虫亜門　Mastigophora Diesing, 1866
　　　　（「An Illustrated Guide to the Protozoa」；「生物学辞典」；「原生動物図鑑」）

LINKS

Subdivisions

オパリナ　Opalinids 　(Opalinata / Opalinatea / Opalinida) 　Cepedea, Opalina, Protoopalina, Zelleriella			種
動物性鞭毛虫 　Zoomastigophora	襟鞭毛虫目（エリヒゲムシ）　Choanoflagellida		150種
	ケルコモナス目　Cercomonadida		種
	プロテロモナス目　Proteromonadida		種
	ハラヒゲムシ目　Retortamonadida		種
	ピルソニンファ　Pyrsonymphids （＝オキシモナス目　Oxymonadida）		種
	マスチゲラ目　Rhizomastigida		種
	エブリア目　Ebriida		種
	ビコソエス目　Bicosoecida		40種
	Basal Eukaryotes ディプロモナス目（ヒゲハラムシ）　Diplomonadida 　Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)		種
	Basal Eukaryotes キネトプラスト目（マクムシ）　Kinetoplastida 　Trypanosoma (ネズミマクムシ)		600種
	Basal Eukaryotes パラベイサル　Parabasalids	ホネマクムシ目　Trichomonadida	種
		ケカムリ目　Hypermastigida	種
植物性鞭毛虫 　Phytomastigophorea	Basal Eukaryotes ミドリムシ 　（＝ミドリムシ植物）		800種
	アルベオラータ 渦鞭毛虫（オビムシ；＝渦鞭毛植物） 　ヤコウチュウ		4000種
	クロミスタ カゲヒゲムシ 　（＝クリプト植物）		100種
	クロミスタ プリムネシウム 　（＝ハプト植物)		種
	クロミスタ: 不等毛植物 ヒカリモ 　（＝黄金色植物；Chrysomonad）		1000種
	クロミスタ: 不等毛植物 ラフィドモナス 　（＝ラフィド藻） 　Chattonella		種
	緑藻植物 ピラミモナス 　（＝プラシノ藻）		種
	緑藻植物 ボルボックス		種

References

1. Hausmann & Hülsmann, 1996, Protozoology, Thieme Medical Pub.
2. 岩波・生物学辞典・第４版, 1996, 岩波書店.
3. Margulis, L., Corliss, J.O., Melkonian, M. and Chapman, D.J. (eds.) , 1990, Handbook of Protoctista. Jones and Bartlett, Boston.
4. ハウスマン, 扇元訳, 1989, 原生動物学入門、弘学出版.
5. Margulis & Schwartz, 1988, Five Kingdoms; An illustrated guide to the phyla of life on earth., Second edition, Freeman and Company.
6. Lee, J.J., Hutner, S.H. & Bovee, E.C. (eds.), 1985, An Illustrated Guide to the Protozoa., Society of Protozoologists.
7. 猪木正三監修, 1981, 原生動物図鑑, 講談社サイエンティフィク.
8. 廣瀬弘幸・山岸高旺編, 1977, 日本淡水藻図鑑, 内田老鶴圃.
9. Kudo, R.R., 1966, Protozoology 5th ed., Charles C Thomas Publisher.