| 微胞子虫界 Microspora 微胞子虫門 Microspora
 
 
鞭毛虫界 Mastigota古アメーバ亜界 Archamoebae
 カリオブラステア門 Caryoblasta
 
 
  双鞭毛虫亜界 DimastigotaTetramastigota上門 Tetramastigota
 レトルタモナス門 Retortamonada
 レトルタモナス綱 Retortamonadea
 ディプロモナス綱 Diplomonadea ランブル鞭毛虫など
 Axostylata門 Axostylata
 オキシモナス綱 Oxymonadae
 バラベイサル綱 Parabasalea Trichomonadida, Polymonas, Hypermastigida
 
 
	
    Metakaryota上門 Metakaryotaミドリムシ門 Euglenozoa
 ミドリムシ亜門 Euglenida
 キネトプラスト亜門 Kinetoplasta トリパノゾーマなど
 Pseudociliata亜門 Pseudociliata Stepahnopogon属のみ
 Heterolobosa門 Heterolobosa
 ネグレリア綱 Schizopyrenidea
 アクラシス菌綱 Acrasea
 細胞性粘菌門 Dictyostela
 プロトステリウム門 Protostela
 ミクソガストリア門 Myxogastra
 クロミスタ門 Chromista
 プリムネシウム亜門 Prymnesiomonada(ハプト藻類)
 クリプトモナス亜門 Cryptomonada
 不等毛植物亜門 Heterokonta
 プロテロモナス綱;オパリナ綱;黄金色植物綱;Heteromonadea;ラビリンチュラ;
 ラフィド藻綱;ネコブカビ綱;Bicosoecidae
 アルベオラータ門 Alveolata
 渦鞭毛虫亜門 Dinoflagellata
 アピコンプレクサ亜門 Apicomplexa マラリア病原虫など
 繊毛虫亜門 Ciliophora
 襟鞭毛虫門 Chanoflagellata
 緑藻植物門 Chlorophyta
 プラシノ藻綱 Prasinomonadea のみ
 
 
Metakaryota上門 Metakaryota
	の一員ではあるが、上記のいずれにの門にも属さないグループアメーバ Amoebozoa
 顆粒根足虫 Granuloreticulosa
 有軸仮足 Actinopoda
 アセトスポラ Ascetospora
 粘液胞子虫 Myxozoa
 
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