これらはいずれも門として扱われる。微胞子虫（Microspora）と粘液胞子虫（Myxozoa＝膠胞子虫＆放線胞子虫）をあわせて 極嚢胞子虫門（Cnidosporidia）と呼ぶこともある。 （「五つの王国」）
しかし、・・・
微胞子虫は、細胞性粘菌、 歯状根足虫類ナエグレリア、 キネトプラスト、 ミドリムシ、 ディプロモナス とともに分子系統学的に原始的な真核生物（クラウン生物群以外の生物）と考えられている。 一方、アピコンプレクサは繊毛虫、渦鞭毛虫と単系統を形成する アルベオラータ群に含まれる。 また、最近の知見によれば、粘液胞子虫 は、原生生物ではなく三胚葉性多細胞動物が退化したものである可能性が示唆されている。
ということで、微胞子虫・粘液胞子虫・アピコンプレクサの３群はたまたま「胞子虫」 （アピコンプレクサはかつては胞子虫類 とよばれていた。現在でも内部の主要なグループは胞子虫＝種虫綱である）という同じ名前が ついているだけで、その進化的起源はまったく異なるようである。
「原生動物図鑑」にはこの３門以外に アセトスポラ門 Ascetosporaがあるが、 他の資料にはない。
Subdivisions
| 微胞子虫 Microspora 800種 |
メチニコベラ綱 Metchinikovellidea | メチニコベラ目 Metchinikovellida | |
| キトリディオプシス目 Chytridiopsida | |||
| ヘッセア目 Hesseida | |||
| 微胞子虫綱 Microsporididea | グルゲア目 Pleistophoridida | ||
| ビリュウシビョウゲンチュウ目 Nosematidida | |||
| 粘液胞子虫 Myxozoa 875種 |
膠胞子虫綱 Myxosporea | ツムガタムシ目 Bivalvulida | |
| ロクノウホウシムシ目 Multivalvulida
Hexacapsula(ロクノウホウシムシ) | |||
| 放線胞子虫綱 Actinosporea | スファエラクチノミクソン目 Actinomyxida | ||
| アピコンプレクサ Apicomplexa 4800種 |
ペルキンスス綱 Perkinsasida | ペルキンスス目 Perkinsorida | |
| 種虫綱 Sporozoasida （胞子虫類） |
グレガリナ亜綱 Gregarinasina | エクソスキゾン目 Archigregarinorida | |
| グレガリナ目 Eugregarinorida
Gregarina, Lankesteria | |||
| カウレリエラ目 Neogregarinorida | |||
| コクシジウム亜綱 Coccidiasina | リチドキスチス目 Agamococcidiorida | ||
| エレウテロスキゾン目 Protococcidiorida | |||
| コクシジウム目 Eucoccidiorida
Eimeria (ニワトリコクシジウム) Plasmodium (マラリア病原虫) | |||
| バベシア亜綱 Piroplasmasina | バベシア目 Piroplasmorida | ||
References