普通、直径0.2〜0.4μm前後で、長さはさまざまである。 多細胞生物では、鞭毛は、精子にみられる程度だが、 原生生物は多くの生物が生活史の全期間ないしは一時期に鞭毛をもつ。 形態は、多細胞生物では単純な裸状だが、原生生物では多様で、一般的なものはむち型と羽毛型で、 このほかに螺旋鞭毛、リボン形鞭毛などがある。
鞭毛の基本型
a ラフィド藻(chloromonads),
b 黄金色植物(chrysomonads),
c ミドリムシ植物(euglenids),
d 渦鞭毛植物(dinoflagellates),
e プラシノ藻(prasinomonads)
(adapted from Hausmann and Hulsmann, 1996)