依然は 動物性鞭毛虫類の一群とされていたが、その後、ほとんどが 肉質虫類の シゾピレヌス目（Schizopyrenida）に移された。 ただし、最近では、肉質虫類 は単系統の分類群（共通祖先から派生したすべての生物種の集合） ではなく、様々な系統の生物が入り混じっていると考えられている。 その中で、シゾピレヌス目（Schizopyrenida）は分子系統学的には 原始的な真核生物として他の 肉質虫類 とは別扱いにされている。