静止画像の場合
　画像データの元となるのは，生きた生物，もしくは，それらを固定・染色した保存標本である。「日本産アリ類画像データベース」では蟻の生体および乾燥・アルコール標本を，「原生生物データベース」では生体試料のみを用いている。
　生体および標本を静止画像として記録するには，通常のカメラによる撮影の他に，ディジタルビデオカメラ（3-1-2）による撮影がある。前者は，画質等の点では優れているが，撮影された画像をあらためてディジタル化する作業が必要になる。後者は，直接ディジタル画像が得られる点で便利だが，画質に問題がある上，器材の準備・撮影条件の設定などの点である程度の専門的知識が必要である（3-1-2）。

3-1-1.　通常カメラによる撮影とPhotoCDの組み合わせ
　通常のカメラで撮影した画像のディジタル化ついては，後述するように，スキャナーなどにより手作業でディジタル化する方法もあるが（3-1-3），通常の35 mm スライドの場合，PhotoCD作成を業者に依頼した方が画質・コストの両面で優れている。なぜならば，学術目的の画像データベースを構築する場合，画質だけでなく解像度も高いレベルのものが要求されるが（参照「学術標本画像データベース作成の指針」，学術審議会学術情報資料分科会学術資料部会大学博物館ワーキンググループ，平成８年１月１２日，http://133.25.20.31/Science_Internet/gakushin/ImageDB.html），それにはPhotoCDの方が適しているからである。
　市販のスキャナーでそのような目的（高解像度・高画質）にかなうものは高価であり，かりに購入できたとしてもそれらを使いこなすには，ある程度の専門的知識と時間・労力・経費（作業を委託する場合）が必要となる。しかし，PhotoCDの場合は，そのような手間をかけずに比較的に安い経費で高画質・高解像度のディジタル画像を作成できる。なにより，業者に全面的に委託できることで，自らの時間・労力を他の研究活動に振り向けることができるのが利点といえる。
　この他，PhotoCDには，直接最寄りの写真店に発注できる，常に一定の画質・画像フォーマットが得られる，長期の保管に適している等の利点もある。ただし，後述するように（3-1-3），電子顕微鏡写真などの特殊なサイズのフィルムをPhotoCDにするのは，コスト的に高くつく（1枚1200円，35mmフイルムの場合の約10倍）。また，電顕写真やX線写真などの白黒ネガフィルムについてはPhotoCDでは適切な階調が得られない場合がある。したがって，35mmフィルム以外の写真については，かならずしもPhotoCDが適しているとはいいがたい。
　原生生物および日本産アリ類については，いずれも通常カメラで撮影し，PhotoCD方式で画像のディジタル化を行なっている。原生生物データベースでは，この１年間に１万枚弱の顕微鏡写真撮影を行ない，そのうちの約3000枚をPhotoCDを利用してディジタル化した。それらはすでにデータベースへ追加されており，現在公開されている画像は総計5200枚余である。それらのすべてについて，分類学的調査を行ない種・属の判定を行ったところ，登録された原生生物は203属，約480種となった（一部は種名が不明のまま）。