菅生沼は茨城県自然博物館の東に隣接している。 茨城県自然博物館の敷地内にも池等があるが，博物館の敷地内に入るには入館料が要る。 菅生沼は博物館の敷地内ではないので自由に近付けるが，博物館を迂回して裏手に回るのに時間がかかる。 博物館の東口（裏口？）近くに沼を横断する桟橋状の木道があり，そこを渡って対岸へ行くと沼岸へ降りることができる。 ただし，原生生物は珪藻が若干いる程度で非常に少ない。 千葉県にある手賀沼と同様，原生生物は非常に少ない。 市街地に近いせいか，農薬等の影響か，，原因不明。 観察された原生生物名一覧（現在7種）