平沢の分注器は，針先をはずして本体と別に滅菌する場合が多い。（ステンレス製のものは，針先を外すことができないので滅菌しずらい。そのため，従来，ゾウリムシの培養用には真鍮製のものを用いる。）
滅菌するための入れ物としては，８枚重ねの木綿布をミシンで袋状に縫ってその中に入れ，針先は試験管に先を下にして入れたものにアルミキャップの蓋をしたものと一緒に紐でくくったものをオートクレーブで滅菌する。あるいは，滅菌用の透明袋に入れ前後をシールして袋状とし滅菌するところもある。（この場合，滅菌袋は使い捨て。）
滅菌後の分注器入り袋は，なるべく早く乾燥させるように心掛ける。これは，蒸気によって湿った袋のままだと袋外表面についた雑菌が移動・繁殖して内部にまで侵入してせっかく滅菌した分注器がコンタミしてしまわないようにするためである。
分注器をセットするためには，培養液を入れたフラスコの口から覆いを外すことになるが，このときも培養液がコンタミする危険性が高い。そのため，本来この作業は，無菌室でおこなうのが望ましいわけだが，ままならない場合も多いので，通常の室内でおこなう場合は，人の動きの少ない場所，時間帯を選び，作業はなるべく迅速に行なうことが大切である。
作業手順