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核酸のアルカリ・ゲル電気泳動法

 

 この方法は,DNAを一本鎖にして電気泳動するもので,その結果ヘアピン状の核酸は,2倍の長さになる。また,super coil状のものは,その形が変化するため泳動位置が変化する。以上のようにして核酸の性状を知ることができる。

 

 ゲル:  50 mM NaOH   (2 N をつくり1/40 に希釈)
       1 mM  EDTA   (0.5 M を1/500 に希釈)
      にてアガロ−スを溶かし,ゲルをつくる。
 
 緩衝液: 30 mM  NaOH   (2 N, 6 ml を 400 ml に希釈)
       1 mM  EDTA   (0.5 M を1/500 に希釈)
 
 試料用緩衝液(Sample loading buffer )  
  緩衝液1:試料3で混ぜるとして,4倍濃度の原液をつくる。
 
                    4倍原液   1 mlつくるには・
    50 mM  NaOH      0.2 N    2 N x 0.1 ml
     1 mM  EDTA       4 mM    0.5 M x 0.008 ml
   2.5 %  Ficoll type 400 *
      0.025 % bromocresol green   0.1 %    適当
 
* Ficollは0.25 M sucroseで代用する。4倍原液では,1 M となる。
 
 この方法は,DNAにはいいが,RNAには適用できない。分解してしまう。


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