この方法は,DNAを一本鎖にして電気泳動するもので,その結果ヘアピン状の核酸は,2倍の長さになる。また,super coil状のものは,その形が変化するため泳動位置が変化する。以上のようにして核酸の性状を知ることができる。
ゲル: 50 mM NaOH (2 N をつくり1/40 に希釈)
1 mM EDTA (0.5 M を1/500 に希釈)
にてアガロ−スを溶かし,ゲルをつくる。
緩衝液: 30 mM NaOH (2 N, 6 ml を 400 ml に希釈)
1 mM EDTA (0.5 M を1/500 に希釈)
試料用緩衝液(Sample loading buffer )
緩衝液1:試料3で混ぜるとして,4倍濃度の原液をつくる。
4倍原液 1 mlつくるには・
50 mM NaOH 0.2 N 2 N x 0.1 ml
1 mM EDTA 4 mM 0.5 M x 0.008 ml
2.5 % Ficoll type 400 *
0.025 % bromocresol green 0.1 % 適当
* Ficollは0.25 M sucroseで代用する。4倍原液では,1 M となる。
この方法は,DNAにはいいが,RNAには適用できない。分解してしまう。