一日目 40ml L broth にアンピシリン(50ug/ml)を加え,これにpUC19をもった大腸菌株を接種。
スターラーを用い37゚Cで撹拌培養を一昼夜続ける。
二日目 新たに40ml L brothを加え,そこにスペクチノマイシンを300ug/mlとなるように
加える。
三日目 遠心(3000rpm X 15')で細胞を集める。
集めた細胞に 10 ml STEを加え細胞を懸濁させる。
20 ml の Lytic solution (0.2N NaOH, 1% SDS) を加え,さらに数滴の
ホルマリンを加える。
スターラーにてゆっくりと撹拌する。(10分以上)
撹拌しながら,15 ml 3M 酢酸ナトリウム (pH 4.8)を1〜2分かけて加える。
白濁した後も5分前後は撹拌を続ける。
その後,冷蔵庫に30分〜1時間放置。
白濁液を遠心する(3000rpm X 10')。
上澄みをとり,同量(45ml)のイソプロピルアルコールを加え,少し撹拌する。
冷凍庫(-20゚C)に2〜3時間,あるいは一昼夜放置する。
四日目 遠心(3000rpm X 15')で沈澱を得る。
沈澱を十分に乾燥させた後,pH7.0のトリス塩酸に溶かす。
注意;酢酸ナトリウムの影響で酸性に傾きやすい。pH7.0に調整せよ。
これにRNase A を加え,37゚C水浴中で30分以上反応させる。
SDS/PHENOL処理を行なう。ホルマリンで処理した後,イソプロパノール沈澱。
冷凍庫(-20゚C)に2〜3時間,あるいは一昼夜放置する。
五日目 遠心(3000rpm X 10〜15')で沈澱を得る。
十分に乾燥させた後,滅菌水(〜1ml)に溶かす。
精 製
electroelution:
反応液をアガロースゲル電気泳動する。
(注意,他の核酸が混入しないように緩衝液は新しいものに取り替えてから泳動を行なう)。
泳動後,ゲルをアズールCにて染色する。
バンドが確認できるようになったら,切断された部分をカッターで切り出す。
切り出したゲルを少々希釈した泳動用緩衝液の入った透析チューブに入れる。
これを再び泳動槽に入れて通電する(50〜100V X 30'程度)。
通電の最後には,電極を反対にして3分ほど通電し透析チューブにくっついたDNAをはがす。
縛ったチューブの先端をはさみで切断し,内部の液を試験管に移す。
濃縮:
ブチルアルコールを加え,キャップをした上で激しく撹拌する。
1分弱3000rpmで遠心し,アルコールと水相を分離する。
アルコールを捨て再びブチルアルコールを加える。
注意;適当なところまで濃縮されたなら,ホルマリンを加え撹拌,遠心。
この際,アルコールは水相の1〜2倍にとどめる。あまり多過ぎるとすべての水分がアルコール相に吸収されてしまう。あやまってそうなった場合は,少量の水を追加すれば再び水相が分離してくる。
この際,核酸の量が少なく沈澱し難いことが予想される場合は,キャリアーとしてのRNAを加えてから沈澱させる。ただしキャリアーを加える場合,それが以後のプロセスで問題にならないことを十分に確認すること。いわゆる「精製」をするなら加えてはいけない。(Ligationなどの実験に用いるなら加えても問題はない。)