この方法は，ＤＮＡを一本鎖にして電気泳動するもので，その結果ヘアピン状の核酸は，２倍の長さになる。また，super coil状のものは，その形が変化するため泳動位置が変化する。以上のようにして核酸の性状を知ることができる。
ゲル： 50 mM ＮａＯＨ （2 N をつくり1/40 に希釈）
1 mM ＥＤＴＡ （0.5 M を1/500 に希釈）
にてアガロ−スを溶かし，ゲルをつくる。
緩衝液： 30 mM ＮａＯＨ （2 N, 6 ml を 400 ml に希釈）
1 mM ＥＤＴＡ （0.5 M を1/500 に希釈）
試料用緩衝液（Sample loading buffer ）
緩衝液１：試料３で混ぜるとして，４倍濃度の原液をつくる。
４倍原液 1 mlつくるには・
50 mM ＮａＯＨ 0.2 N 2 N x 0.1 ml
1 mM ＥＤＴＡ 4 mM 0.5 M x 0.008 ml
2.5 % Ficoll type 400 ＊
0.025 % bromocresol green 0.1 % 適当
＊ Ficollは0.25 M sucroseで代用する。４倍原液では，1 M となる。
この方法は，ＤＮＡにはいいが，ＲＮＡには適用できない。分解してしまう。