３ 培養法

２）単離した細胞を培養する

単離培養には，（1）細胞を単離した後，餌となる他の生物と一緒に培養する場合（これを二員培養という）と，（2）他の生物をまったく含まない無菌培地中で培養する場合（いわゆる無菌培養）の２通りがある。後者は，かぎられた種類にしか適用できないが，他の生物を含まないため，培養が安定しやすく，たくさんの細胞が得られるので研究用に適している（言い換えると，研究に利用される原生生物は無菌培養が可能な種類が多くなる，ということでもある）。 　細胞を単離する，という行為を字義通りに解釈すれば，培養しようとする細胞以外の生物をいっさい除外し，目的の細胞のみを取り出す，ということになる。しかし，その作業は実体顕微鏡下で行なうので，比較的大きな原生生物の混入については容易に排除できるが，顕微鏡では見えないバクテリアやカビなどの混入を防ぐのはかなり難しい。 　そのため，単離した後で餌生物を与えて培養する方法には，さらに２つのケースがあり得る。すなわち，（1） いったん対象となる生物以外の微生物を完全に取り除いてから，あらためて餌生物のみを与えて培養する方式（いわゆる二員培養）と，（2）実体顕微鏡下で目的とする細胞をマイクロピペットで吸い取り他の容器に移す際，他の原生生物の混入は避けるが，実体顕微鏡では見えないバクテリアやカビの胞子等の混入の有無は無視する，という方式である。後者は厳密には「単離した」とは言えないが，慣習的にこれらの場合も単離と呼んでいる。 　前者（1）の雑菌を「完全に取り除く」作業は，後述する無菌培養では当然ながら必要不可欠の作業である。また，バクテリアを餌として培養するゾウリムシなどの場合も，この除菌作業は基本的に行なうことが望ましい。ゾウリムシの培養では，餌となるバクテリアと一緒に，そのバクテリアを増やすための培養液（レタスジュースなど）も同時に与えるからである。そこに餌用バクテリア以外の雑菌（ゾウリムシの餌にならない他のバクテリアや菌類等）が混入すると，それらが余分にある栄養分を使って増殖し（これを通称，コンタミと呼ぶ），その結果，ゾウリムシの増殖が阻害されたり，接合などの実験に悪影響が出る。 　一方，後者（2）は，バクテリア以外の比較的大きな餌生物を与えて培養する際の方式がこれにあたる。 テトラヒメナ， ゾウリムシ， キロモナス 等を餌とする アメーバ・プロテウスや， クロロゴニウム を餌とする ユープロテス （Euplotes）などは通常シャーレなど平底の培養器で飼うが，その際，これらの生物を完全に除菌するのは難しいし，除菌できたとしても無意味である。なぜなら餌生物を与える際に，不可避的に空気中にただよう様々なバクテリアやカビが混入してしまうからである。

しかし，この場合は，そのような雑菌の混入はさほど問題ではない。ゾウリムシの培養法と異なり，餌生物以外の余分な養分は加えていないので，多少の雑菌が混入しても，それらが大量に増殖して培養に悪影響を及ぼす心配はないからである。また，新しく餌を与える際には，古くなった培養液（この場合は養分を含まない塩溶液）を交換するので，その際に雑菌の一部は排除される。そのため，培養途中で新たな雑菌の混入があってもとくに気にする必要はなく，したがって，「単離」する際に，完全な除菌を行なう必要もないのである。

単離操作の際，ミクロピペットは頻繁に熱湯による簡易消毒を行なう。そのため，実体顕微鏡ととともに電気コンロとビーカーが必需品となる。